目前，活體共聚焦顯微鏡已廣泛應用于感染性角膜炎及角膜營養不良的診斷及治療隨訪、部分全身疾病早期的眼部表現評價與輔助診斷等。

使用共焦顯微鏡觀察到的角膜圖像，通過圖像處理方法進行拼接、定位、分析，可以清晰辨析出角膜中神經纖維、朗罕細胞、絲狀真菌在各個層次的形態。

我公司自主研發的眼角膜影像處理系統，使用先進的圖像特征提取與分析技術，將相機輸出的零散小圖拼接成一張完整的大圖。并對大圖進行特征提取、影像分析、疾病篩查，以輔助臨床醫生進行診斷。目前該系統已提供給北大人民醫院用于臨床使用。